Bộ phim Khổng Tử xoay quanh cuộc đời của Khổng Tử, nhà tư tưởng lớn của Trung Quốc, sống cách nay hơn 2 thiên niên kỷ (551–479 trước Công nguyên). Ở tuổi 55, Khổng Tử là bộ trưởng bộ hình của nước Lỗ nhưng do thất vọng nên rời bỏ nước này. Ông tới nhiều nước, truyền bá tư tưởng triết học của chính mình nhưng ít được vị vương hầu nào thực sự để ý. Khổng Tử có rất nhiều đệ tử, cũng giống như Phật Thích ca, Chúa Jesus hay Thánh Muhammad. Nhưng ông không phải là người sáng lập một thứ tôn giáo mà trở thành thầy giáo.

Tư tưởng triết học của ông, gọi là Khổng giáo, được hậu thế truyền bá, phát triển, để 6 thế kỷ sau khi ông mất, nhà Hán lấy đó làm triết lý duy nhất để trị nước. Các cỗ máy chính trị cảm thấy bị đe dọa bởi những nhà triết học, lo sợ sẽ bị mất kiểm soát trên các vị vua bù nhìn, Khồng Tử sẵn sàng lang thang để truyền đạt lý tưởng của mình và tìm người hiểu và thực hiện lý tưởng đó.